Dans la mythologie grecque, cette ville est largement mentionnée. Thèbes est citée comme le lieu de naissance d'Héraclès, de Dionysos, de Niobé, d'Œdipe et d'Antigone. Les "sept portes" et les murs de la ville auraient été construits par les frères Amphion et Zeus, Amphion empilant des blocs de pierre en jouant de sa lyre. Le château de la ville de Cadmeia a été, selon la légende, construit par le Phénicien Cadmus après qu'il eut tué un dragon qui ravageait le paysage local. L'un des fils de Cadmus, Œdipe, transmit le pouvoir à ses fils Étéocle et Polyneice, étant entendu que les deux frères gouverneraient à tour de rôle chaque année. Étéocle a cependant violé cette clause et n'a pas abandonné le gouvernement, ce qui a été à l'origine de la campagne des sept contre Thèbes.

À l'époque des cités-États grecques, Thèbes était le siège le plus important de la Béotie. Elle était également appelée "la ville aux sept portes".

Thèbes appartenait à la confédération béotienne, dont elle était considérée comme la capitale. Pendant les guerres gréco-persanes, Thèbes s'est rangée du côté de la Perse, les désaccords majeurs avec Athènes en étant le motif principal. Cependant, après la défaite des Perses, Thèbes perdit son statut de capitale de l'association béotienne et les chefs du parti prophétique furent exécutés. Sparte s'efforce encore d'exclure Thèbes de l'amphictyonie delphique, mais Athènes l'en empêche et accroît son influence sur l'ensemble de la Béotie. L'influence de Thèbes décline progressivement.

Lors des guerres ultérieures entre Sparte et Athènes, Thèbes se rangea du côté de Sparte. En retour, Sparte reconnaît à nouveau Thèbes comme capitale de la fédération béotienne.

Après la fin de la guerre du Péloponnèse, les Thébains abolirent leur alliance avec Sparte, car elle leur apportait les mêmes avantages que lorsqu'Athènes exerçait son pouvoir sur eux. S'ensuivit l'alliance de Thèbes avec Athènes, Argos et Corinthe contre Sparte, avec le soutien généreux de l'or perse. Cette situation a conduit à la guerre de Corinthe, au cours de laquelle Thèbes s'est avérée militairement victorieuse, bien qu'elle ait finalement été vaincue à la bataille de Corneille. Le résultat fut l'autonomie de toutes les municipalités grecques, ce qui signifiait la dissolution de la confédération béotienne, et donc une influence beaucoup plus réduite de Thèbes.

Par la suite, la ville de Thèbes fut occupée par les Spartiates, qui n'en furent chassés qu'en 379 avant J.-C., grâce à l'union de Thèbes avec Athènes. D'autres conflits avec Sparte suivirent, qui aboutirent à la bataille de Leucate en 371 avant J.-C., au cours de laquelle Thèbes fut victorieuse et infligea une défaite écrasante à Sparte. Cette défaite a brisé le mythe de l'invincibilité spartiate et a également été la première utilisation de ce que l'on appelle la phalange (retrait de l'aile droite et renforcement du reste de la formation).

La pression exercée sur Sparte entraîne la désintégration de la Ligue du Péloponnèse et la diminution de l'importance de Sparte. À l'inverse, l'influence croissante de Thèbes entraîne l'union d'Athènes et de Sparte, puis la bataille de Mantinée en 362 av. Bien que cette guerre ait été indécise, le roi thébain Epameinondas y est tombé. Thèbes perdit ainsi de son importance et devint une simple ville régionale.

Le dernier conflit thébain intéressant est lié à l'influence croissante de Philippe II. de Macédoine. Face à lui, Thèbes s'allie à Athènes pour tenter d'empêcher sa progression vers le sud. Lors de la bataille de Chaironeia, les Hellènes subirent une défaite convaincante. Cette défaite met fin à leur contrôle de la Grèce elle-même.

Thèbes fut détruite en 335 av. J.-C. lorsqu'une révolte éclata contre le fils de Philippe, Alexandre. La ville fut ensuite reconstruite par Cassandre en 315 av. J.-C., mais elle ne retrouva jamais son importance d'antan.