L'ensemble de la guerre a été méticuleusement documenté par l'historien Thucydide dans son ouvrage Histoire de la guerre du Péloponnèse. Ce travail a été suivi par Xénophon dans son Histoire grecque.

L'Association navale athénienne était un groupement d'États grecs libres formé après la fin des guerres gréco-persanes. Elle devint par la suite un bloc de pouvoir qui défendait les intérêts d'Athènes. Athènes a construit les "longs murs" reliant la ville à son port du Pirée, rendant la municipalité à l'abri des attaques venant du continent. De l'autre côté se trouvait le bloc du Péloponnèse, dirigé par Sparte.

La guerre entre Athènes et Sparte entre 457 et 446/445 av. J.-C., déclenchée par la défection de Mégare au profit d'Athènes, est souvent considérée comme le prélude à l'ensemble de la guerre du Péloponnèse.

Cependant, l'impulsion initiale de la guerre a été l'alliance de Thèbes (voisin septentrional d'Athènes) et de Sparte, qui était dirigée contre la Phocide (alliée d'Athènes). Lorsque Sparte envoie des troupes en Béotie, elles se heurtent à l'opposition d'Athènes, qui est vaincue par Sparte (bataille de Tanagra). Cependant, deux mois plus tard, Athènes battit Thèbes à la bataille d'Oinophyta et devint ainsi la puissance dominante en Grèce centrale pour les dix années suivantes. Plus tard, cependant, Athènes a dû reconnaître l'autonomie de la Béotie, ce qui a conduit la guerre à une impasse. Par la suite, Mégara changea à nouveau de camp et rejoignit Sparte. Les forces en présence s'équilibrèrent et un traité de paix de trente ans fut conclu.

Ce traité fut rompu lorsque Corinthe, ville neutre, renforça considérablement sa marine et chercha à établir son hégémonie dans le golfe d'Ambracie. Dans le cadre de la guerre d'Epidamne, le parti démocratique a fait appel à l'aide de Corinthe et de l'aristocratie de l'ancienne colonie corinthienne de Kerkyra. Il en résulte une guerre entre Corinthe et Kerkyra pour la domination de la mer Ionienne. Corinthe continue cependant à renforcer sa flotte, menaçant Athènes qui perd alors son statut de première puissance navale. Athènes forme donc une alliance défensive avec Kerkyra. Mais Corinthe y voit une violation de la paix de 446 av. J.-C. et se tourne vers Sparte.

Un autre problème est le conflit de Poteidaii sur la péninsule de Chalcidique. Poteidaia était un allié d'Athènes, mais entretenait également de bonnes relations avec Corinthe. Athènes demande à Poteidaia d'expulser les fonctionnaires corinthiens et de démolir les fortifications de son port. Poteidaia se retire alors de l'association navale. Malgré le soutien de Corinthe, elle fut assiégée par les Athéniens peu de temps après.

De plus, à cette époque, l'assemblée du peuple athénien adopte une résolution visant à établir un blocus naval de ses ports en raison du différend avec Mégare. Mégare demande alors l'aide de ses alliés, à savoir Sparte. C'est le début de la guerre du Péloponnèse.

Au cours de l'été 432 avant J.-C., Sparte est invitée à se joindre à la guerre. Le roi Archidamus II cherche une solution raisonnable, mais n'y parvient pas. Une déclaration de guerre officielle s'ensuivit. Athènes disposait d'une armée terrestre plus faible, mais protégeait la population de l'Attique derrière de "longues murailles", indestructibles à l'époque. Elle dispose également d'une puissante marine. Sparte, en revanche, dispose d'une nette supériorité en matière de troupes terrestres.

Le premier affrontement militaire est mené par les alliés de Sparte, les Thébains, avec une attaque sur le Platée au début de l'année 431 avant J.-C. Les Athéniens hésitent donc à s'engager dans la bataille.

Les Athéniens étaient donc réticents à s'engager dans un affrontement militaire sur terre, et cherchaient à utiliser leur flotte pour attaquer les villes côtières du Péloponnèse et épuiser lentement Sparte en bloquant les routes maritimes. Sparte utilise une tactique similaire en attaquant périodiquement l'Attique, qu'elle brûle entièrement et dont ses troupes se retirent après quelques semaines. Elle tente d'attirer les Athéniens dans une bataille ouverte.

Après la mort de Périclès, Cléon et Nicias prennent la tête du gouvernement athénien. Ils poussèrent à étendre l'aide aux classes les plus pauvres du peuple, car une grande partie de la population de l'Attique avait été rassemblée à l'intérieur des fortifications athéniennes pendant un certain temps et ses biens avaient été laissés à la merci des Spartiates. Le budget athénien s'en trouve fortement grevé.

Même au cours des années suivantes de la guerre, il n'était pas évident de savoir qui avait le dessus.

En 425 av. J.-C., une partie de l'armée athénienne, sous le commandement du stratège Démosthène, débarque au cap Pylos, sur la côte ouest du Péloponnèse, et le fortifie. Le siège spartiate échoue et 120 Spartiates (guerriers d'élite) sont faits prisonniers lors de la bataille de Sphakteria. Après cette lourde défaite, Sparte propose la paix à Athènes. L'accord n'est pas confirmé car Athènes exige des concessions territoriales inacceptables.

Par la suite, les Spartiates, craignant pour le sort des soldats capturés, renoncent à poursuivre leurs raids en Attique. Ils se concentrent sur l'affaiblissement d'Athènes en attaquant ses alliés.

En 424 avant J.-C., Sparte entreprend une campagne en Thrace. Arrivée au nord, Sparte conclut une alliance avec le roi macédonien Perdiccas II, jusqu'alors neutre. Grâce à ce soutien, les Spartiates prennent le contrôle de la ville d'Amphipolis, le plus important point d'appui athénien sur la côte septentrionale de la mer Égée. La même année, Athènes perd une bataille terrestre contre Thèbes. En conséquence, Athènes a beaucoup de mal à protéger ses approvisionnements en céréales de Crimée, en or et en bois. Athènes est alors divisée entre la demande d'un coup dur contre Sparte (Cléon) et la demande d'une réconciliation avec Sparte (Níkias).

Lors de la bataille d'Amphipolis en 422 av. J.-C., les Spartiates sont victorieux, mais Cléon et le chef de guerre spartiate Brásidas tombent tous deux. La mort de ces intransigeants a ouvert la voie à un traité de paix, appelé Paix de Nicias, du nom de son architecte.

Au moment de la paix, Alcibiade persuade Athènes de se rendre en Sicile pour couper l'approvisionnement en céréales de Sparte et étendre la sphère d'influence athénienne. Une demande d'aide de Ségeste contre Syracuse servit de prétexte. Alcibiade réussit à gagner cette guerre, mais à son retour à Athènes, il doit être jugé pour avoir prétendument dégradé des statues du dieu Hermès. Au lieu de retourner à Athènes, il se rangea du côté de Sparte, ce qui marqua le début de la fin d'Athènes.

Nicias continue d'assiéger Syracuse, mais ne parvient pas à l'encercler complètement. Sparte envoya un petit détachement de soldats chez son allié, dirigé par l'expérimenté Gylippus. Les tentatives de Nicias pour prendre la ville restent infructueuses malgré l'arrivée de renforts. La situation continue de se détériorer jusqu'à ce que la flotte athénienne soit isolée dans le golfe de Syracuse et finalement détruite. Athènes doit alors se retirer, mais cette décision arrive très tard. C'est ainsi que la majeure partie de l'armée tomba en captivité et que beaucoup d'entre eux moururent. Les commandants Nikias et Démosthène sont exécutés.

Athènes est affaiblie et, bien que les forces soient encore égales, Sparte se déclare en 414 av. La paix de Nicias est rompue. Puis, suivant les conseils d'Alcibiade, elle occupe la ville en 413 av. Dekeleia, un village stratégiquement important de l'Attique, qui servit dès lors de base aux Spartiates pour effectuer des raids dans la région athénienne. Athènes est ainsi assiégée en permanence, ce qui provoque la fuite des esclaves, mais surtout la perte des approvisionnements en provenance de l'île d'Eubée. Celles-ci ne pouvaient plus venir que par la mer. Même l'armée devait protéger en permanence les longues murailles, ce qui mobilisait un nombre considérable de soldats pour défendre la ville.

En outre, Athènes a soutenu une rébellion locale en Asie Mineure en 414 avant J.-C., ce qui a contrarié l'Empire perse. Les Perses s'allient à Sparte, qui leur cède l'Asie mineure, en échange de quoi ils s'engagent à leur verser régulièrement de l'argent. Avec cet argent, Sparte commence à construire une puissante marine. Celle-ci devient progressivement aussi puissante que celle d'Athènes, mais aucune victoire majeure n'est remportée par l'un ou l'autre camp. Cela s'explique également par le fait que les Perses s'accommodaient du conflit et tentaient de le prolonger, ce qui affaiblissait les deux parties, à l'avantage de la Perse.

Alcibiade décide alors de ne plus servir Sparte et envisage de retourner à Athènes. Là, cependant, un coup d'État se préparait pour supprimer la démocratie et introduire une oligarchie. Les pressions exercées par les conspirateurs ont porté leurs fruits et leurs objectifs ont été atteints. Mais elle n'a pas apporté la paix avec Sparte ou la Perse.

De plus, si les commandants étaient des partisans de l'oligarchie, les rameurs, par exemple, étaient des partisans de la démocratie et refusaient de soutenir le nouveau gouvernement. C'est ainsi qu'au bout de quelques mois, le Conseil des Quatre-Cents est dissous. Alcibiade était déjà passé au parti démocratique.

Après le retour d'Alcibiade, Athènes remporte de nombreuses victoires. Après la bataille de Kyzicus, Sparte est à nouveau prête à accepter la paix, mais Athènes (dirigée par Cléophonos) refuse. Alcibiade, malgré sa récente défection au profit de Sparte, est élu stratège en chef avec des pouvoirs presque illimités.

Du côté spartiate, le général Lysandros établit des contacts étroits avec les Perses et les incite à mettre un terme définitif à leur politique prudente et à décider de soutenir pleinement Sparte. L'effet se fait sentir presque immédiatement avec la défaite d'Athènes à la bataille de Notia. Alcibiade fut alors démis de ses fonctions de stratège.

Athènes remporte la plus grande bataille navale des îles Arginus, mais parce qu'elle a négligé de secourir les marins noyés, le célèbre procès des Arginus a lieu. Plusieurs stratèges athéniens victorieux y sont exécutés, privant ainsi Athènes de commandants expérimentés.

L'année suivante, Athènes tombe à la bataille d'Aigospotamoi. Athènes n'a alors plus de flotte et les Spartiates dominent la mer. Athènes abandonne également ses alliés (à l'exception de l'île de Samos). Sparte attaque alors Samos et Athènes par terre et par mer. Elles sont complètement affamées et capitulent en 404 av. Athènes ne réalisa que trop tard qu'elle aurait dû traiter ses alliés sur un pied d'égalité et non comme des subordonnés.

"Après avoir accepté les termes de la paix, Lysandros est entré au Pirée, puis la démolition des murs a commencé en grande cérémonie, accompagnée de la musique des joueurs de flûte, car on pensait que ce jour marquait le début de la liberté des Hellènes".

Par la suite, l'association navale athénienne a été dissoute, la flotte a été remise à Sparte et finalement brûlée. Un gouvernement oligarchique prospartanien composé de trente tyrans fut établi à Athènes, qui fut renversé en 403 av. Des gouvernements similaires sont mis en place dans d'autres communautés grecques. Corinthe et Thèbes cherchent à détruire complètement Athènes, mais les Spartiates refusent, car ce sont ces deux municipalités qui profiteraient le plus de la destruction d'Athènes.

Sparte avait également un problème, car elle avait promis de sacrifier l'Asie mineure à la Perse. Mais ce n'était pas une option, et c'est ce qui a déclenché la guerre de Sparte contre l'Empire perse.