Après la fin de la civilisation minoenne, la Crète a connu une longue période d'occupation par d'autres puissances et nations. Les premiers à occuper la Crète furent les Mycéniens, également connus sous le nom d'Achéens (vers 1400 à 1100 av. J.-C.), puis la nation dorienne (après 1100 av. J.-C.).
Vers 1450 avant J.-C., la Crète a connu un déclin progressif de la civilisation minoenne, probablement sous l'influence de plusieurs facteurs. Selon les experts, la civilisation minoenne luttait encore contre les effets d'une éruption volcanique massive sur l'île voisine de Santorin, et son affaiblissement a été exploité par les Achéens de la Grèce continentale, qui ont apporté la culture dite mycénienne en Crète. Vers 1425 avant J.-C., la civilisation minoenne disparaît et la culture mycénienne s'épanouit en Crète.
La civilisation mycénienne tire son nom de la ville de Mycènes, qui était l'un des principaux centres de la civilisation grecque et une importante forteresse militaire à l'époque. La société mycénienne était principalement composée de chasseurs et de guerriers. À l'époque de leur plus grande prospérité, les Mycéniens contrôlaient une grande partie de la Grèce méridionale, y compris les îles Ioniennes et la Crète.
Après l'invasion de la Grèce continentale, de nombreuses villes crétoises ont été abandonnées et détruites (en particulier dans la partie orientale de l'île). Alors que les premiers habitants de l'île se sont retirés à l'ouest de la Crète, le peuple mycénien nouvellement arrivé a peuplé l'île, construisant de nouvelles habitations à la place des anciennes et établissant de nouvelles colonies. Les grands palais royaux et les tombes à puits, qui témoignent de la grande richesse de la classe dirigeante, sont caractéristiques de l'architecture mycénienne. Les palais étaient le lieu où se concentrait tout le pouvoir, mais contrairement aux palais royaux minoens, les palais mycéniens étaient entourés de solides fortifications.
Après la disparition de la civilisation minoenne, les Mycéniens ont repris les liaisons commerciales maritimes et ont fait du commerce dans toute la Méditerranée. Ils ont établi des colonies commerciales là où ces échanges étaient les plus intenses. Les Mycéniens connaissaient l'écriture dite linéaire B, qui a été déchiffrée et dont les experts disposent d'un grand nombre de documents datant de cette époque. Les mythes de la création et les légendes des différents dieux grecs datent probablement de la période mycénienne.
Cependant, à partir de 1200 av. J.-C., les "peuples de la mer" ont progressivement pénétré dans la Méditerranée et, après l'invasion de la Crète par les Doriens, la civilisation mycénienne a disparu. J.-C., les peuples dits de la mer sont entrés dans la Méditerranée et, après l'invasion dorienne de la Crète, la civilisation mycénienne a disparu. Là encore, il s'agit probablement d'une combinaison de plusieurs causes, car la région a été exposée à plusieurs tremblements de terre au cours de cette période et a pu être affaiblie.
Après l'arrivée des Doriens du Péloponnèse, la population de la Crète, en particulier dans la partie occidentale de l'île, a augmenté de manière significative. De nouvelles villes comme Axos, Gortys, Falasarna et Polyrinnia ont été fondées et la population a augmenté, notamment à Kydonia (Chania) et Eleftherna. Entre le VIe et le IVe siècle avant J.-C., les cités-États crétoises ont fonctionné dans une paix et une tranquillité relatives, et c'est de cette période que date le code dit de Gortys, le droit civil codifié régissant la vie de la société de l'époque (voir le site de Gortys). Il existe également deux épopées très importantes, l'Iliade et l'Odyssée, dont la paternité est attribuée au poète aveugle Homère.
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