Les chevaliers de l'Ordre de Saint-Jean ont pu résister avec succès aux raids des différents conquérants pendant plus de deux cents ans grâce à la qualité de leurs fortifications. Le tournant se produit en 1552, lorsque le sultan turc Soliman, surnommé le Magnifique, débarque à Rhodes et lance un siège avec une flotte de 200 navires de guerre. Le siège de l'île dura six longs mois et les deux parties étaient épuisées. On raconte que le sultan finit par l'emporter grâce à la trahison d'un habitant qui lui confia que les défenses de la ville étaient déjà à bout de souffle. Les Turcs reprennent l'île en force et s'emparent de la forteresse. Le dernier Grand Maître de l'Ordre Johannite, Villiers de l'Isle Adam, est alors contraint de céder le contrôle de l'île au Sultan turc et Rhodes est intégrée à l'Empire ottoman.

Après la reddition, 180 chevaliers furent laissés sur place et autorisés à prendre la mer. Les chevaliers trouvèrent un nouveau foyer à Malte et reçurent le nom sous lequel ils sont encore connus aujourd'hui - les chevaliers de Malte. Les chevaliers ont également emmené avec eux 8 000 chrétiens, une collection d'œuvres d'art, des étendards d'église et des reliques.

Bien que les Turcs aient effectivement conquis l'île et que la ville de Rhodes soit devenue la capitale de la province égéenne de l'Empire ottoman, ils n'ont jamais réussi à soumettre la population locale. Sous la domination turque, Rhodes était plutôt déserte, avec quelques temples convertis en minaret ou en manoir, et des bains turcs ont également été construits dans la capitale. Cependant, les Turcs n'ont pas montré beaucoup d'intérêt pour l'architecture et la culture de l'île et les villes se sont peu à peu dépeuplées. La principale force économique de l'île était l'agriculture et, jusqu'au XIXe siècle, Rhodes a fonctionné comme un marché de fournitures agricoles pour son propre usage et pour les petits États environnants. Cependant, son importance internationale diminuait.

Pendant l'occupation turque, l'île était dirigée par Kapudan Pacha et était également le siège de l'administrateur en chef de la province égéenne de l'Empire ottoman, dont Rhodes faisait partie. Cependant, seuls les Turcs et les Juifs étaient autorisés à vivre dans la vieille ville, et les habitants ont dû déménager dans de nouveaux faubourgs à l'extérieur de la ville fortifiée. Les ouvriers grecs qui travaillaient dans la vieille ville étaient conduits hors des murs tous les soirs. C'est ainsi que la ville nouvelle a été créée.

Mais les Turcs n'ont jamais réussi à s'emparer de l'ensemble de l'île et ont toujours été minoritaires à Rhodes. Malgré cela, certaines villes ont réussi à maintenir un certain degré d'indépendance, y compris sur le plan économique, notamment Lindos. En 1821, les Grecs du continent se sont rebellés contre les Turcs et ont obtenu leur indépendance. Mais les Rhodéniens sont trop épuisés et restent sous la domination turque. Les Turcs ont occupé l'île jusqu'en 1912.

Monuments:

400 longues années de domination turque ont eu raison de Rhodes. L'île, autrefois florissante, tomba progressivement dans la désolation et le déclin, y compris au niveau de l'architecture et de l'art. Les Turcs prenaient peu soin des bâtiments et ne les réparaient pas. Cette situation a été aggravée par plusieurs tremblements de terre violents qui ont frappé l'île. Certains bâtiments furent démolis, quelques églises furent parfois transformées en minarets. Quelques mosquées et bains publics furent construits dans la capitale. Aujourd'hui, cette partie de la vieille ville est connue sous le nom de "quartier turc".