La longue et intéressante histoire de l'île grecque de Santorin est avant tout un récit fascinant de l'éternelle lutte entre l'homme et la nature. La nature volcanique de l'île a influencé, et continue bien sûr d'influencer, la vie quotidienne des habitants. Cependant, l'adversité n'a pas découragé les Santoriniens et, malgré la forte activité volcanique, plusieurs civilisations et peuples importants se sont installés sur l'île, laissant des traces indélébiles dans son passé.
La nature volcanique de l'île de Santorin est un facteur important qui a contribué à sa longue histoire. Selon les experts, l'origine même de l'île de Kalliste ("la plus belle"), qui, selon la légende des Argonautes et d'Euphemus, est apparue "de nulle part", est probablement liée à l'éruption d'un volcan voisin.
Les premiers habitants de Théra se sont installés sur l'île à l'époque préhistorique, vers 4 000 avant J.-C.. Cependant, la première civilisation importante à laisser une trace indélébile dans l'histoire de l'île fut celle des Minoens, un peuple originaire de l'île voisine de Crète. Les Minoens se sont installés dans le sud-ouest de l'île, dans la région d'Akrotiri, entre 2000 et 1600 avant J.-C. environ. L'île de Théra a ainsi fait partie de la culture minoenne, considérée comme la première civilisation avancée d'Europe.
Cependant, au 17e siècle avant J.-C., une énorme catastrophe naturelle s'est produite. Le volcan Strongyli, qui a donné son nom à l'île (Strongyli signifie "circulaire"), a montré sa puissance inimaginable. L'éruption a littéralement pulvérisé toute la partie intérieure de l'île, ne laissant que les bords du cratère volcanique.
L'éruption massive a probablement entraîné la disparition de toute la civilisation minoenne. Aujourd'hui encore, cependant, nous pouvons admirer son importance et sa maturité, car après l'éruption, l'établissement minoen d'Akrotiri a été recouvert de cendres et de poussière volcaniques, ce qui l'a préservé jusqu'à sa découverte en 1967. Il y a également un musée archéologique sur le site. Les fouilles d'Akrotiri constituent certainement une excursion intéressante.
Parmi les monuments importants de la période antique, on trouve les vestiges de l'ancienne ville de Théra. La ville de Théra a été habitée à partir du 9e siècle avant J.-C., lorsque des colons de Sparte sont arrivés sur l'île et ont fondé une nouvelle colonie dans le terrain montagneux difficile d'accès, près du massif rocheux de Mesa Vouno. La ville s'est rapidement développée et est devenue un important centre culturel et commercial de l'île. Mais cela a pris fin en 726 après J.-C. lorsqu'une éruption volcanique (en quelque sorte) s'est produite. L'éruption était beaucoup plus faible cette fois, mais elle a quand même détruit la ville et les habitants se sont déplacés vers la côte de l'île. Les artefacts trouvés dans la ville sont exposés au musée archéologique de Théra, dans la capitale Fira.
Par la suite, plusieurs puissances se sont emparées de Santorin. Les conquérants les plus importants ont été les Romains, qui se sont emparés de l'île au 13e siècle, marquant le début de l'ère de la domination vénitienne. Les Romains, qui étaient l'une des puissances maritimes de l'époque, ont baptisé l'île Santorin du nom de la sainte patronne de l'île, Sainte Irène. De nombreux beaux bâtiments historiques, principalement de nature défensive, ont été préservés de la période vénitienne. Au XVIe siècle, les Turcs ottomans ont exercé leur pouvoir sur l'île jusqu'à ce qu'elle fasse à nouveau partie de la Grèce au XIXe siècle.
Dans l'histoire moderne du 20e siècle, c'est encore une fois en 1956 que le volcan a fait le plus de bruit. Malheureusement, son éruption a été un désastre pour toute l'île: l'explosion a fait de nombreuses victimes, a endommagé de nombreuses villes et monuments historiques, et les infrastructures de l'île ont subi d'importants dégâts. La vie à Santorin a ainsi été plongée plusieurs classes en dessous, dans une période de privation et de pauvreté. L'île n'a commencé à se redresser que dans les années 1970, lorsque l'économie locale s'est appuyée sur le développement du tourisme, et elle est aujourd'hui l'une des destinations touristiques les plus populaires au monde.