La civilisation minoenne est née et s'est développée sur l'île voisine de Crète il y a environ 5 000 ans. Les Minoens étaient un peuple instruit, des commerçants habiles, des artistes et des marins compétents. Ils ont également été les premiers à créer et à utiliser une langue écrite en Europe, qui n'a été déchiffrée que récemment. Mais à leur apogée, un événement a sonné la fin de la culture minoenne. Cependant, de nombreuses traces ont survécu pour prouver son existence et sa maturité.

Entre 2000 et 1600 avant J.-C., les Minoens sont arrivés sur l'île de Santorin et se sont installés dans la région connue aujourd'hui sous le nom d'Akrotiri. Akrotiri était d'ailleurs l'un des plus importants sites préhistoriques de la région égéenne, puisque les premiers habitants y sont apparus à la fin du Néolithique (à partir du 4e millénaire avant J.-C.). Au fil du temps, une colonie entière a été construite sur le site, qui est devenu l'un des principaux centres urbains et ports de la mer Égée à l'âge du bronze moyen et tardif (entre le 20e et le 17e siècle avant J.-C.).

Les Minoens d'Akrotiri ont construit une ville particulièrement développée avec des bâtiments publics (même à plusieurs étages), des maisons en pierre, des rues, une place de marché et même un système d'égouts. La ville d'Akrotiri s'est enrichie principalement grâce au commerce et, outre l'artisanat traditionnel, les arts, tels que la peinture, la fabrication de bijoux, etc. y ont prospéré. Les fresques d'Akrotiri sont particulièrement célèbres pour leurs couleurs vives et la beauté de leurs représentations.

Plusieurs d'entre eux, ou du moins des fragments, ont été préservés et peuvent être admirés, avec d'autres objets intéressants (tels que des outils, des ustensiles, des figures en marbre, des bijoux élaborés, etc.), au musée préhistorique de Thera. Le musée archéologique de Thera se trouve également dans la capitale, Fira, et son exposition retrace l'histoire de Santorin depuis les temps les plus reculés jusqu'à nos jours.

Vers 1600 avant J.-C., cependant, après une série de tremblements de terre mineurs, une éruption volcanique aux proportions inimaginables s'est produite, qui a profondément affecté la vie non seulement à Santorin, mais aussi dans les environs proches et lointains. L'éruption du volcan Strongyli a complètement modifié la forme de l'île et on lui attribue la disparition de toute la civilisation minoenne. Cependant, une couche de poussière volcanique et d'autres particules ont parfaitement préservé la ville d'Akrotiri et le site archéologique d'Akrotiri est aujourd'hui un site monumental unique à Santorin.