Les origines du monastère original d'Agios Nikolaos remontent à 1651, lorsque la famille Gyzi, l'une des rares familles orthodoxes de l'île, vivait dans le château vénitien de Skaros. La famille décide de transformer sa chapelle privée en monastère et de la dédier à saint Nicolas. Les filles de la famille Gyzi sont devenues ses premières religieuses. Le couvent y est resté jusqu'en 1815, année où l'archevêque de Santorin a donné l'autorisation de le déplacer vers un nouvel emplacement, plus accessible. La construction du nouveau monastère a duré jusqu'en 1820 et le monastère se trouve encore aujourd'hui sur ce site et sous cette forme. Au milieu du XIXe siècle, il est devenu la propriété de l'État grec.

Aujourd'hui, le monastère de Saint-Nicolas est situé entre les villages de Firostefani et d'Imerovigli, avec une vue imprenable sur la caldeira inondée. Le bâtiment du monastère se compose de l'église Saint-Nicolas et de 32 cellules (chambres) utilisées pour loger les moniales. Aujourd'hui, les grandes salles du monastère abritent un musée folklorique et un musée religieux, qui conserve de rares icônes byzantines (et notamment l'icône de Saint-Nicolas) et une magnifique iconostase sculptée.

Le lieu s'anime surtout pendant la période de Pâques, l'une des fêtes les plus importantes et les plus populaires de l'année en Grèce, et les Grecs s'y préparent longtemps à l'avance.

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