Le premier musée archéologique de la capitale, Fira, fondé au début du XXe siècle, a malheureusement été détruit par un fort tremblement de terre en 1956. Afin de stocker les précieuses découvertes issues des fouilles archéologiques menées dans la région de l'ancienne Thira et dans d'autres parties de l'île, un nouveau musée a été créé en 1960.

Le musée archéologique de Théra retrace l'histoire de Santorin depuis les temps les plus reculés jusqu'à nos jours:

La première salle du musée présente quelques objets préhistoriques découverts principalement dans la région d'Akrotiri, comme de magnifiques vases préhistoriques datant du 20e au 17e siècle avant J.-C..
La deuxième partie de l'exposition nous amène à la période antique (du 8e au 4e siècle avant J.-C.), représentée principalement par une collection d'objets en céramique du 6e siècle avant J.-C.. On peut y admirer, par exemple, des vases aux motifs géométriques décoratifs ou des figurines en argile.
Dans l'espace ouvert du musée, on trouve de nombreuses sculptures et d'autres objets tels que des pierres commémoratives avec des inscriptions et un énorme vase en relief ancien.
La collection est complétée par une exposition finale d'objets d'art des époques hellénistique et romaine. On y trouve notamment la statue en marbre parfaitement conservée d'une jeune femme, peinte à Sellada, qui mesure 2,3 mètres.

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