Les fouilles d'Akrotiri ont mis en évidence l'un des plus importants peuplements préhistoriques de la région égéenne, datant de la fin de la période néolithique (vers le 4e millénaire avant J.-C.). Au cours de l'âge du bronze précoce (3e millénaire avant J.-C.), la colonie s'est progressivement étendue et, à l'âge du bronze tardif (20e au 17e siècles avant J.-C.), elle était devenue l'un des principaux centres urbains et ports de la mer Égée.

À son apogée, c'était une grande ville avec un système d'égouts élaboré, des bâtiments à plusieurs étages avec de magnifiques peintures murales, de grandes fenêtres, des meubles et des vaisseaux, témoignant de sa sophistication et de sa prospérité. Les maisons contenaient également des objets importés de Grèce continentale et d'autres îles, notamment de Crète et des îles du Dodécanèse, ainsi que de Syrie et d'Égypte. Des rues étroites et pavées se faufilent entre les maisons. Les habitants de la région se consacraient principalement à l'agriculture, à l'élevage, à la pêche et à la navigation, mais il y avait aussi des constructeurs, des artistes et des apiculteurs. La population locale consacrait beaucoup de temps à l'art, comme en témoignent les magnifiques peintures murales et les divers objets décoratifs.

Vers 1600 avant J.-C., cependant, la vie animée de la ville a été soudainement interrompue par de fortes secousses, après quoi les habitants ont été contraints de fuir. Une éruption volcanique massive, l'une des plus importantes au monde, a suivi. Une telle quantité de cendres et d'autres matériaux volcaniques sont tombés sur la ville qu'elle a été pratiquement ensevelie et parfaitement préservée jusqu'à aujourd'hui. Un parallèle est souvent établi avec la Pompéi romaine, qui a subi le même sort en 79 après J.-C., c'est pourquoi le site d'Akrotiri est parfois appelé la "Pompéi grecque". Cependant, à la différence de la Pompéi romaine, on n'y a pas trouvé de restes humains, de bijoux en or ou d'autres objets de valeur, de sorte que les habitants d'Akrotiri ont probablement réussi à s'échapper rapidement.

À la suite de l'éruption volcanique, la vie a pratiquement cessé d'exister à Santorin et sur les îles adjacentes. Une caldeira s'est formée sur le site de l'éruption et des parties du continent qui formaient auparavant une seule entité ont été séparées de Santorin.

Les indications selon lesquelles une ancienne ville "enterrée" pourrait se trouver sur ce site sont apparues à la fin du 19e siècle. Cependant, ce n'est qu'en 1967 que des fouilles systématiques ont commencé, grâce au travail d'un archéologue grec, le professeur Spyridon Marinatos, travaillant sous les auspices de la Société archéologique d'Athènes, qui voulait vérifier la théorie selon laquelle une importante civilisation minoenne avait disparu dans cette zone. Après sa mort en 1974, le professeur Christos Doumas a repris la supervision des fouilles. Les travaux archéologiques se poursuivent sous sa direction jusqu'à aujourd'hui, avec des résultats remarquables.

Le site archéologique a été nommé d'après le village actuel d'Akrotiri, qui se trouve sur la colline qui le surplombe. Le nom original de la ville est inconnu.

Une visite du site archéologique d'Akrotiri est sans aucun doute une expérience unique, au cours de laquelle vous ressentirez l'atmosphère des temps anciens. Vous pouvez vous promener dans les vieilles rues, entre les maisons, tout est à portée de main. La plupart des objets découverts ont été apportés au musée de la préhistoire de Théra, dont certains sont également exposés dans d'autres musées, tels que le musée archéologique de Théra (à Fira) et le musée archéologique national d'Athènes.

Malheureusement, l'ouverture du site archéologique au public a été entachée d'un accident tragique lorsque le toit couvrant toute la zone de fouilles s'est effondré en 2005, tuant un visiteur. Le site n'a été rouvert qu'en avril 2012.

Le deuxième site historique le plus important de Santorin est constitué par les vestiges de l'ancienne ville de Thira, située sur le côté est de l'île, sur le versant de la chaîne de montagnes Mesa Vouno.

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