Historiquement, on dit qu'il s'agissait probablement d'une guerre commerciale, Troie étant un centre commercial important à l'époque. Selon une autre version, il s'agit d'une escalade des hostilités entre Locra et Priam suite à l'enlèvement de la sœur de Priam.

Selon Homère, la raison de la guerre de Troie est l'enlèvement de la belle Hélène, fille du roi spartiate Tyndareus, dont Pâris s'est emparé. Hélène choisit Ménélas, le plus riche des Achéens, comme futur époux et donc comme futur roi de Sparte. Pâris est le fils maudit du roi Priam et de sa femme Hekabe. Il devait être mis à mort immédiatement après sa naissance car l'oracle disait qu'il serait la ruine non seulement de sa famille mais aussi de toute la ville de Troie. Mais ses parents ne purent le tuer et il fut emmené hors de la ville, où il fut élevé par Agélaos, le gardien des troupeaux.

Hélène et Pâris ne se seraient jamais rencontrés si les déesses Héra, Aphrodite et Athéna ne s'étaient pas disputées pour savoir laquelle d'entre elles était la plus belle. Ce conflit a été déclenché par la déesse des conflits, Eris, qui a offert aux déesses une pomme d'or portant l'inscription "la plus belle". C'est à Pâris qu'il revient de trancher leur différend. Chacune des déesses lui offre de grands cadeaux, mais seule Aphrodite lui offre le cadeau le plus précieux : l'amour. Elle lui promet le cœur de la belle Hélène. Pâris choisit donc Aphrodite comme la plus belle et, peu après, il rencontra Hélène, qui tomba tellement amoureuse de lui qu'elle s'enfuit avec lui à Troie. Cet acte a fortement irrité son mari Ménélas, qui a décidé, avec son frère Agamemnon, de lancer une armée contre Troie pour récupérer Hélène.

Pas moins de 1 144 navires venus de toute la Grèce, dont des soldats d'Athènes, de Sparte, de Mycènes, de Salamine, de Crète et d'autres encore, allaient participer à la guerre. La plupart des chefs de ces armées étaient d'anciens prétendants d'Hélène, qui s'étaient promis que, quel que soit celui qu'Hélène choisirait, les autres lui prêteraient serment d'allégeance. C'est ainsi que les héros Ulysse, Achille, le grand Aias de Salamine, Patrocle, Diomède et d'autres se joignirent aux combats.

La plupart des héros grecs se distinguent dans les batailles de Troie et acquièrent une gloire encore plus grande. Achille (fils du roi Pélée et de la déesse de la mer Thétis) y est le plus célèbre. Son destin était le suivant : soit il devenait célèbre mais mourait, soit il vivait longtemps mais n'était pas célèbre. Sa mère, qui ne voulait pas le voir mort, décida de le cacher sous une robe de jeune fille dans le palais du roi de Skyrie, Lycomède. Mais Ulysse a vu clair dans le déguisement, et Achille a promis de conduire sa tribu de Myrmidons à Troie.

Lorsque les navires grecs arrivent à Troie, les guerriers établissent un camp à partir duquel ils pillent toute la région autour de Troie, mais ils ne parviennent pas à conquérir Troie elle-même. L'oracle avait déterminé que Troie ne tomberait pas avant que le fils de Priam, Troïlus, n'ait atteint l'âge de vingt ans. De plus, les forces des deux armées rivales sont assez homogènes, puisque les Lyciens, les Mycéniens, les Kikons, les Dardaniens, les Maiones, les Phrygiens, les Césars, les Pélasgiens et les Halisgoniens se rangent du côté de Troie.

Ce n'est qu'à partir de la dixième année que les Grecs se concentrent sur la conquête de Troie elle-même. Mais cette année est marquée par l'enlèvement de la fille du prêtre d'Apollon, Chryseus, par le commandant grec, le roi mycénien Agamemnon. Apollon, sous le coup de la colère, envoie la peste sur son camp. La peste immobilise les soldats pendant dix jours avant qu'Agamemnon ne se décide à rendre sa fille à son père. Cependant, il choisit Briseis, la maîtresse d'Achille, pour la remplacer, ce qui provoque une querelle entre lui et Achille. Achille refuse alors de se battre pour Agamemnon, de même que ses Myrmidons. Agamemnon déclare alors qu'il n'a pas besoin d'eux.

La guerre elle-même est mêlée aux intrigues des dieux. Du côté des Grecs, on trouve par exemple Poséidon, Héra, Pallas Athéna et Thétis, la déesse mère d'Achille. Du côté de Troie se trouvaient Zeus, Arès et Apollon.

Zeus convoque Agamemnon en rêve et le presse d'attaquer. Les Grecs s'enfuient, mais Pâris décide de régler le conflit par un duel à mort entre lui et Ménélas. Une trêve est donc conclue et le duel s'engage. Mais Pâris est en train de perdre et il est sauvé par Aphrodite. Le guerrier Pandaros désobéit à la paix et blesse Ménélas d'une flèche. Une grande bataille s'ensuivit, qui n'eut finalement pas de vainqueur, les deux camps ayant convenu d'une trêve jusqu'à ce que les morts des deux camps soient enterrés.

Dans les jours qui suivent, les succès remportés dans les combats se répercutent d'un camp à l'autre. Un jour, les Troyens ont même poussé les Grecs jusqu'à leurs navires, mais Patrocle est apparu. Patrocle est un fidèle compagnon d'Achille et lui demande de lui prêter son armure pour qu'il puisse aller se battre. Mais Hector, le fils du roi Priam, s'aperçut que Patrocle, plus faible, se cachait dans l'armure d'Achille et le provoqua en duel. Au cours du duel, il tue Patrocle. Achille est dévasté par cette défaite et décide de se venger des Troyens. Il revient sur le champ de bataille et c'est grâce à lui que les Troyens sont repoussés dans leurs murs. Il eut le dessus dans son duel avec Hector et, après l'avoir tué, il déshonora son corps (en le traînant autour des murs troyens). Par la suite, Achille fut frappé au talon, son seul point vulnérable, par une flèche de Paridus, guidée par Apollon lui-même. Achille mourut de cette blessure.

La conquête de Troie elle-même n'est pas décrite par Homère, mais est racontée par Virgile dans l'Énée. La déesse Athéna donne à Phrylide l'idée de construire un cheval de bois creux à partir de coques de navires, dans lequel se cachent 20 à 30 soldats. Le reste de l'armée naviguera à l'horizon. Lorsque les Troyens découvrent le camp vide et ce cheval, ils le considèrent comme une offrande de paix et le ramènent dans leur ville. Là, ils firent une grande fête. La nuit venue, les Grecs sortirent du cheval, tuèrent les gardes, ouvrirent les portes de la ville et firent signe à leurs navires de débarquer une armée pour détruire Troie. La ville fut finalement réduite en cendres.

Cependant, Ménélas n'envisage pas un instant de punir Hélène, persuadé que seul Paris est à l'origine de tout. Hélène retourna alors de son plein gré à Sparte.